La couleur agouti chez le Malamute est la plus dominante de toutes. Ce gène fait apparaître la classique rayure sur le poil de couverture. Les chiots naissent avec la face et les pattes très sombres, comme s'ils étaient barbouillés de suie ou de boue, donc en anglais on les connait comme "mud puppies". Si dans une portée naissent des chiots comme cela, ce sont des Malamutes agoutis, bien qu'une fois adultes les marques s'éclaircissent considérablement et que certains ressemblent à des Malamutes gris.

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Cette couleur est propre et validée dans la race, qui remonte aux Malamutes originaux tels qu'ils sont vus dans cette photo de Cijara Malamutes. Dans celle-ci on voit clairement un Malamute agouti en premier plan alors que les enfants tiennent dans leurs bras un chiot gris avec la face dégagée :